On reproche souvent au gimp d'utiliser plusieurs fenêtres et pas une seule comme photoshop.
Ceci est dû au fait que par défaut Gimp permet l'éclatement des fenêtres sur plusieurs écran. Pour disposer d'une seule fenêtre principale procédez comme suit :
Ouvrir Gimp, positionner la fenêtre principale
Dans edition, préférence aller dans fenêtre et sauvegarder la position des fenêtres.